所有事情的起因还要从2004年,孙晨被捕后说起。原本李澜和杜朝阳计划产品销售后,化工厂就申请破产,逃避责任。可偏偏付吉亮接到一通威胁电话,打电话的是一家科技公司,他们对化工厂里的事一清二楚。因为孙晨掌握着某种分子式,该公司又急需孙晨协助研发药物。故而威胁李澜三人,还孙晨清白。
无奈之下,杜朝阳出面,对警方谎称是他经厂长的手,把钱借给孙晨,偷窃保险柜只是误会。孙晨出狱后立刻被科技公司接走,该公司总裁也信守承诺,从国外进口药物为孙晓萌稳定病情,并把孙晓萌送去福利院照顾。
之后的一年里,孙晨都软禁在秘密试验室,没日没夜的工作,只盼着早日研发成功,早日接女儿回家。只是他研究的药品并非公司所要求的,而是用于治疗孙晓萌的特殊药物。当药物研发成功,孙晨就与女儿约好一起离开绿藤市。到了约定日期,孙晨利用化学知识,炸毁试验室,制造混乱出逃。
孙晓萌满怀希望,等着父亲来接自己。可偏偏孙晨开车驶过路口时,因后面有科技公司打手追赶,方向控制不稳撞翻了垃圾桶。张海峰上班路上恰好撞见,立刻加大油门追了上去。快到火车道口时,后方车辆撞击孙晨的后轮。孙晨车辆失控,被火车撞飞,张海峰下车想救人,却已为时太晚。孙晓萌远远的看到了这一幕,在她幼小的心灵里,认定是张海峰害死父亲。仇恨的种子,从此埋在了心底。
一场误会,让孙晓萌产生了错误的念头。为了不让孙晓萌双手沾染鲜血,赵彬彬做了所有脏活。最后,他投身江水之中,清洗身上的罪孽。为了让孙晓萌忘却仇恨,刘雨奇舍弃了生命。
而所有的所有,不论张海峰的家庭惨剧,还是孙晓萌为父报仇,都只是刘雨奇进行的一项记忆疗伤实验。每当记忆陷入危机时,所有记忆就会重置,在新的人生中寻找解决困苦的方法。得知一切真相后,作为第一批志愿者,张海峰中止了实验。他要回到2004年的现实中去,在一次次人生抉择中,选择最正确的那一项。